De façon générale, les grossesses aprés FIV semblent être légèrement plus compliquées que les grossesses naturelles.Les etudes publiées mettent en evidence un risque accru de prématurité et de petit poids de naissance , essentiellement lié à la plus grande fréquence des  grossesses multiples, mais peut-être aussi, non pas tant à la technique de FIV elle-même, qu'à l'infertilité des parents.

L'enfants, né d'une procréation médicalement assistée, a un risque légèrement majoré d'être porteur de malformations à la naissance (6,7% au lieu de 6% pour un couple hypofertile concevant naturellement et 5% pour un couple sans problème connu d'infertilité), malformations souvent peu graves, il existe également une discrète augmentation des troubles mentaux ches ces enfants. Ces choffres ne doivent pas cacher que la très grande majorité des enfants sont strictement normaux. il est difficile de savoir si ce risque est imputable au traitement  de l'infertilité, ou bien à l'infertilité elle-même, ou bien aux caractéristiques des couples en FIV (âge élevé,parité) ou encore àla fréquence élevée de grossesses miltiples. Ce risque serait moindre en cas de congélation d'embryon.

l'hyperstimulation ovarienne pourrait, au contraire, augmenter ce risque.